数据加载中，请稍候...6月12日上午，钓鱼岛所属台北县县长周锡玮到驻台北的“日本交流协会”抗议，并提出三点要求：立即放人、赔偿损失、对于所有霸道的行为提出道歉。
6月13日上午，台湾行政部门负责人刘兆玄在立法院接受民意代表质询时承认，台湾对保钓不惜一战！这是台湾高层首次发出的强硬声音。在此之前，关于台湾地区领导人马英九当年“保钓不惜一战”的提法炒作的沸沸扬扬，马英九发言人也没有否认马英九的这个提法。
6月15日，日本第十一管区海上保安总部（位于那霸）总部长那须秀雄在总部召开记者会称，“巡逻船为确认（对方）船名而靠近渔船的行为是正当的，但靠近的方式存在过失。结果导致渔船沉没，船长受伤，我们对此表示遗憾”。此外他还透露，若台方提出要求，日方会考虑做出赔偿。
6月16日凌晨，由台湾保钓联盟执行长黄锡麟带领的12名保钓人士以及30名记者，沿着钓鱼岛绕行一周宣示“主权”，台“海巡署”出动9艘各型舰艇，为保钓人士护航，日本海上保安厅也出动8艘舰艇和直升机进行海空封锁，导致台日海防武装紧张对峙。
6月16日，日本政府发言人、内阁官房长官町村信孝在记者会上，针对台湾保钓抗议船和海巡船进入所谓“日本领海”一事表示：“无顾再三的警告而发生侵入领海的问题，诚为遗憾。”
6月16日，美国国务院发言人在被问到美国对日舰撞沉台湾船只事件有何评论时说，美国呼吁争执各方保持克制，以确保问题经由和平方式解决。
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